Le Conseil scientifique de Farre est désormais présidé par Gilles Lemaire, directeur de recherche à l’Inra (Institut national de recherches agronomiques). Gilles Thévenet présidait le Conseil scientifique de Farre depuis 2002.

Spécialiste en agronomie et écophysiologie des prairies et des cultures fourragères, Gilles Lemaire consacre l'essentiel de son activité à coordonner des programmes de recherche sur :
- les problèmes de durabilité des systèmes d'élevage,
- le rôle et l'impact des prairies comme élément de diversification des modes d'occupation des sols dans les territoires,
- les relations à reconstruire entre les systèmes de grandes cultures et les systèmes d'élevage des herbivores dans le cadre d'un développement rural durable.

Le Conseil scientifique de Farre réunit des personnalités qui mettent au service de l’agriculture raisonnée des compétences et des expériences complémentaires. Au-delà d’une mission d’orientation et de validation scientifique des actions de Farre, le Conseil scientifique est une force de réflexion et de proposition auprès de l’association. Il a également pour mission d’aider les agriculteurs à progresser constamment vers une meilleure prise en compte de l’environnement dans leur acte de production.

Les membres du Conseil scientifique sont les suivants : Jean-Pierre Amigues (Inra), Jean-Louis Bernard (Syngenta Agro), Louis-Patrick Borgida (Ania), Claire Chenu (Ina-PG), Philippe Collin (agriculteur), Pierre-Etienne Decherf (éleveur), Philippe Eveillard (Unifa), Vincent Faloya (Inra), André Le Gall (Institut de l’élevage), Paul Havet (ONCFS), Françoise Lavarde (ministère de l’Agriculture et de la Pêche, DGER), Serge Martin-Pierrat (arbo-viticulteur), Jérôme Mousset (Ademe), François Moutou (Afssa), Géraldine Richard-Hamelin (CCMSA), Francis Trocherie (Corpen), Jean-Jacques Tolron (Cemagref), Nathalie Verjux (Arvalis Institut du végétal).