La forte amplitude des marées va découvrir des gisements naturels de coquillages. Leur consommation peut présenter des risques pour la santé, en particulier du fait de la capacité des coquillages à concentrer des bactéries, des virus, du phytoplancton toxique et des métaux lourds pouvant être présents dans la mer. Les coquillages ainsi contaminés peuvent entraîner chez le consommateur des troubles digestifs et neurologiques.

Les zones de pêche sont classées en quatre catégories : A, B, C et D selon leur degré de salubrité. La pêche en zone C et D est interdite, celle en zone B est déconseillée.

Les gisements de classe A sont les seuls qui offrent des garanties sanitaires permettant une consommation directe des coquillages.
Les coquillages issus de gisements de classe B nécessitent des étapes de purification, qui ne sont efficaces que lorsqu’elles sont réalisées par des professionnels. Par ailleurs, des efflorescences d’algues toxiques ou des pollutions peuvent conduire à des interdictions temporaires de récolte, y compris sur des sites classés A.

Afin de profiter de la pêche à pied des coquillages dans les meilleures conditions de sécurité, il convient de suivre les recommandations suivantes :
1/ choisir le site :
- s’informer sur la qualité des sites auprès de la mairie, de la Direction départementale des affaires maritimes, de la Direction départementale des affaires sanitaires et sociales ou de la Direction départementale des services vétérinaires ;
- respecter les interdictions temporaires ou permanentes fixées par arrêtés municipaux ou préfectoraux ;
- choisir des sites éloignés des égouts, ports, zones de mouillage ;
2/ pêcher les coquillages avec soin :
- pêcher des spécimens vivants et en bon état (éliminer les coquillages dont la coquille est ébréchée ou ouverte et ceux dont l’odeur est suspecte) ;
- les laver et les rafraîchir à l’eau de mer pendant la pêche ;
3/ consommer sa récolte en respectant certains principes :
- laver soigneusement les coquillages récoltés ;
- les conserver vivants jusqu’à leur préparation en les plaçant au réfrigérateur (4°C maximum) et sans dépasser la journée ;
- consommer rapidement les coquillages ramassés (toujours le jour même) ;
- Quel que soit le mode de préparation culinaire, un coquillage initialement contaminé constitue toujours un risque. La cuisson des coquillages ne permet pas d'éliminer tous les risques notamment ceux liés aux toxines de phytoplancton ou aux métaux lourds.
Enfin, la consommation de coquillages récoltés par pêche à pied de loisir est déconseillée aux personnes dont la santé est fragile (femmes enceintes, jeunes enfants, personnes immunodéprimées...).